ATAC-seq是通過在活細胞或速凍組織中添加Tn5轉座酶，對細胞核內的開放的核染色質區域進行切割，再結合高通量測序技術來研究染色質的可進入性。該技術能在全基因組水平鑒定染色質開放區域。
CUT&Tag是原位研究蛋白-DNA互作的新技術，通過Protein G/A-tn5與基因組上特定蛋白結合，實現定點切割與測序接頭插入，通過測序獲得蛋白-DNA互作信息。該技術能在一定程度上替代ChIP-seq。
ChIP-seq是研究蛋白質與DNA相互作用的經典技術，可在全基因組范圍內全面分析蛋白與DNA之間的相互作用，普遍應用于轉錄因子結合位點或組蛋白修飾位點的研究。
Hi-C是用于研究基因組三維空間結構的新技術，能清楚地解析染色質A/B疆域、TAD、loop等三維遠程互作信息，通過與ChIP-seq、ATAC-seq等表觀數據聯合分析，能解析出調控元件及其遠程互作。
HiChIP和ChIA-PET都是研究特定蛋白介導的基因組三維結構新技術。其技術原理是在細胞核進行原位酶切和連接，再結合ChIP實驗實現對特定蛋白介導的基因組遠程互作進行精細捕獲，都具有很高分辨率。
Capture Hi-C技術是在Hi-C文庫的基礎上增加了一個特定探針捕獲的過程。其原理是針對目標區域，設計探針，然后再利用探針從常規Hi-C文庫中捕獲目的片段進行測序，該技術的好處是能解析特定區域的遠程互作。
GRID-seq是一種全基因組范圍內分析DNA-RNA相互作用的新方法，通過該技術研究，能夠在全基因組水平鑒定參與轉錄調控的RNA，并能在全基因組水平解析lncRNA的功能。
DNA甲基化是發生在堿基序列上的一種化學修飾，甲基化能在不改變DNA序列的情況下，影響基因的表達。通過重亞硫酸鹽處理，再結合通量測序手段可以鑒定出基因組甲基化位點。
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